應該使用哪種統計測試來測試基因列表的富集？

我進行了一項實驗來測試細胞對某種 DNA 損傷劑的敏感性。我們發現了270個對藥物特別敏感的基因，分析的基因總數為3668個。270個敏感基因中有38個被歸類為“DNA修復基因”。如果基因組中包含的“DNA修復基因”數量為112個，基因組中的基因總數為3668個，那麼敏感基因是否富集在DNA修復基因中？應該使用哪種統計檢驗？如果您還可以告訴我一些在線計算 p 值的工具，我將不勝感激。

測試基因列表富集的標準做法是進行超幾何測試，或者等效地，進行單邊Fisher 精確檢驗。你有以下列聯表：

R您可以按如下方式進行測試：

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

這給出了一個非常重要的結果：

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

請注意，當我們測試過度表示（而不是表示不足）時，alternative參數設置為"greater".

引用自：https://stats.stackexchange.com/questions/72553